Спустя два года появляется некая террористическая организация под названием «Красный сокол», поставившая перед собой задачу уничтожить всё человечество. База «Красного сокола» находится на некоем острове. Действие игры начинается, когда два бойца Билл Райзер и Лэнс Бин, ставшие до этого Контра (бойцами, мастерски владеющими навыками ведения партизанской войны), высаживаются на остров, чтобы уничтожить базу и спасти мир.