Сюжет игры Wolfenstein 3D разворачивается во время Второй мировой войны. Игрок выступает в роли американского агента Би-Даббера Блаватского (Blazkowicz), которого заключили в психиатрическую больницу после неудачной миссии. Однако он находит способ сбежать и решает проникнуть в зловещий замок Вольфенштайн, где немецкие солдаты и ученые проводят опасные эксперименты.

Цель игрока — уничтожить руководство Третьего рейха, победить главного злодея игры, офицера СС Ганса Гросса (Hans Grosse), и освободить мир от фашистской угрозы. Путешествуя по разным уровням замка Вольфенштайн, игрок должен убивать врагов, собирать оружие и бонусы, искать выходы и осуществлять разведывательные миссии.

Игра содержит несколько эпизодов, каждый из которых представляет собой отдельную историю, но с общей темой — борьбой против нацистов. Во время своего путешествия Блаватский сталкивается с различными типами противников, такими как немецкие солдаты, стражники, суперсолдаты и даже враждебные собаки.

Сюжет игры раскрывается через различные диалоги, найденные записи и визуальные детали на уровнях. По мере продвижения игроку становится ясно, что немецкие силы работают над созданием супероружия и экспериментируют с паранормальными явлениями.

В конечном итоге Блаватский сражается с Гансом Гроссом и его телохранителем и побеждает их, спасая мир от нацистской угрозы. Сюжет игры Wolfenstein 3D подчеркивает важность добра в борьбе против зла и подчеркивает героизм и смелость Блаватского.